科技日報北京8月6日電 (記者張佳欣)DNA包含了維持生命所需的基礎(chǔ)信息。理解這些信息是如何存儲和組織的,一直是20世紀最大的科學挑戰(zhàn)之一。現(xiàn)在,借助GROVER這一基于人類DNA訓練的新型大型語言模型,研究人員有望解碼基因組中隱藏的復雜信息。GROVER由德國德累斯頓工業(yè)大學生物技術(shù)中心開發(fā),它將人類DNA視為文本,通過學習其規(guī)則和上下文來提取DNA序列的功能信息。這一新工具有望徹底改變基因組學并加速個性化醫(yī)療的發(fā)展。相關(guān)研究論文發(fā)表在新一期《自然·機器智能》雜志上。
大型語言模型通過文本訓練,發(fā)展出了在多種語境下使用語言的能力。研究人員設(shè)想將生命代碼DNA當作一種語言,訓練了一個大型語言模型——GROVER。
在語言方面,人們談?wù)摰氖钦Z法、句法和語義。而對于DNA來說,這意味著學習核苷酸的序列等。就像GPT模型學習人類語言一樣,GROVER基本上學會了DNA“語言”。
研究表明,GROVER不僅能準確地預測接下來的DNA序列,還可用來提取具有生物學意義的上下文信息,例如識別DNA上的基因啟動子或蛋白質(zhì)結(jié)合位點。此外,GROVER還學習了“表觀遺傳”過程,即在DNA序列不發(fā)生改變的情況下,基因表達的可遺傳變化。
GROVER有望解鎖DNA中蘊含著關(guān)于人類本質(zhì)、疾病易感性以及對治療反應(yīng)的關(guān)鍵信息。研究人員相信,通過語言模型理解DNA的規(guī)則,將有助于揭示隱藏在DNA中的生物意義,從而推動基因組學和個性化醫(yī)學發(fā)展。
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